В АРМА діє система внутрішнього контролю та управління ризиками при прийнятті рішень за стандартами ЄС
Модель структури АРМА побудовано за аналогом профільних європейських інституцій. Відповідно, важливі для роботи органу механізми внутрішнього контролю та управління ризиками також організовані на основі вимог і критеріїв, які діють в ЄС.
Згідно з Бюджетним кодексом України, усі розпорядники бюджетних коштів в особі їх керівників повинні організувати внутрішній контроль та забезпечити його здійснення в ефективний та законний спосіб, що має ґрунтуватися на принципах, визначених пунктом 3 Основних засад здійснення внутрішнього контролю розпорядниками бюджетних коштів, затверджених постановою Кабінету Міністрів України № 1062.
Керівник АРМА уповноважений обирати та впроваджувати відповідні механізми, застосовувати інструменти та методи управління, вживати організаційних заходів, що спрямовані на забезпечення виконання Нацагентством завдань і функцій, дотримання законності та ефективності використання бюджетних коштів і досягнення встановленої місії.
Важливо, що, відповідно до рішення Рахункової палати за результатами незалежного зовнішнього аудиту діяльності АРМА, система внутрішнього контролю в Агентстві відповідає встановленим вимогам.
З метою підвищення ефективності роботи АРМА, з урахуванням особливостей військового стану, протягом 2022 року проведено 14 комплексних внутрішніх аудитів та надано рекомендації за їх підсумками.
Окрім того, відповідно до рекомендацій Міністерства фінансів, оновлено нормативно-правові акти, які регулюють здійснення внутрішнього аудиту в АРМА.
Варто зазначити, що відповідальний за внутрішній аудит підрозділ ініціював та проводив перевірки у тому числі щодо випадків реалізації Нацагентством своїх функцій, які спричиняли суспільний резонанс, зокрема, щодо продажу на торгах арештованого майна.